Para empezar a competir en Nike Fuel Missions los usuarios deben activar cualquiera de los dispositivos para acceder a un número determinado de misiones. Luego deben escoger un nivel de dificultad y averiguar la cantidad de energía que deben producir para completar cada misión antes de que el reloj llegue a cero, energía que gastarán con su actividad física diaria. Una vez terminada cada misión, el usuario deberá sincronizar su dispositivo para saber qué tan lejos han llegado. Cuanta más actividad física desempeñe el jugador, más evolucionará su avatar en el juego hasta convertirse en el líder de la competición.
